中文名: ENCprime英文名: ENCprime資源格式: 壓縮包版本: Unix/Linux/Win32發行時間: 2002年09月03日制作發行: John Novembre
The Regents of the University of California (Regents). All Rights Reserved.地區: 美國語言: 英文簡介:


這是一個生物信息軟件，沒有興趣的朋友就不要往下看了。
ENCprime中包括兩個相關的子程序，分別為：SeqCount和ENCprime。此程序所需序列格式為FASTA。密碼子可以根據NCBI:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi?mode=c#SG4
自由選擇，也可自己制做。
1．SeqCount：此程序所計算序列格式為FASTA格式。可以計算兩方面的數據。一是所給序列的每種密碼子或單核苷酸的數量；二是計算每種密碼子或單核苷酸的百分比。
2．ENCprime：此程序所計算的數據是以SeqCount的輸出結果為基礎的。所以在計算時需要先運行SeqCount才以進行這一步。可以計算如下數據：
Nc, the effective number of codons；
Ncp,the effective number of codons prime；
ScaledChi；
SumChi, the sum of the chi-square statistics
df, the corresponding number of degrees of freedom for that statistic；
p, the p-value for that chi-square statistic；
B KM, the B(a) measure of Karlin and Mrazek；
n codons, the number of codons for that sequence；
注意；所上傳的兩個包中一個以gz結尾的是Linux或Unix使用，另一個為Windows使用。
但我在使用時發現要把windows下的所有文件拷到linux下的文件夾中方可使用。
裡面還有一個英文說明，不難，做生信的應該能看懂。
這是計算每種密碼子或單核苷酸的百分比的截圖，格式要把自動換行去掉，再自己手動修改一下才容易看清楚。


這是原軟件所在地：
http://www.eeb.ucla.edu/Faculty/Novembre/s...are.html